BOSS1：Bit&Byte Combo
介绍：如果在前面没有摧毁两个噩梦警察，或者只摧毁了其中一个，在这里就会遇到两个噩梦警察的合体，实力不是很强，小心其光剑发出的剑气就可以了
相克武器：S.blade与Ray.S
BOSS2：Junk Robot
介绍：如果在前面摧毁了两个噩梦警察，在这里就会遇到这个BT的原为垃圾处理用的大机器，实力很强，所以建议不到摧毁噩梦警察……
相克武器：Torhado.F与Ray.S
多普勒实验室第二关
Z光剑
如果前面在噩梦关里摧毁了VAVA,这关的这里就会出先一片水域,而且会出现中BOSS-吸血蚊子.
用zero去打吸血蚊子(进门前记得换人)
打败它后它就会冲过来和zero同归于尽，使zero受重伤而不能参战
然后zero会把Z-Saber借给X(跟X6一样?),之后无法使用zero，且结局有变化
Z-Saber本作最强的武器,两下解决任意BOSS
BOSS1：Doppler October
介绍：如果在噩梦机器里摧毁VAVA的话，在这里会遇到这只超肉脚的水母，用不用相克武器都能轻松解决
相克武器：Frost.S与T.Thunder
BOSS1：VAVA
介绍：如果没有在噩梦机器里摧毁VAVA或根本没打噩梦机器的话，在这里会遇到骑乘加强型装甲的VAVA，摧毁装甲后VAVA的攻击方式仍然和X1一样……
相克武器：P.Bomb（击毁装甲前），S.blade与Ray.S（击毁装甲后）
多普勒实验室第三关
按照RM的传统,又要把前面的8个BOSS重打一次,然后打多普勒博士
BOSS：多普勒博士
介绍：故障猎人组织的顾问，由于感染Sigma病毒而产生邪恶念头。动作很快也很强，而且会自己加血，要比他手快一步才行。
相克武器：Acid.B
多普勒博士被打败后会清醒，告诉X实验室中Sigma的位置
多普勒实验室第四关
如果zero在前面没受重的话,这里zero会出现
zero一刀砍烂了墙壁(帅XD!),然后就走了
BOSS：Sigma
介绍：作为传统BOSS，老西的实力不是盖的，这代还有了盾，以至于更难打，小心应付
相克武器：S.Blade
BOSS：Kaiser Sigma
介绍：老西这次弄到了宣称最强的凯撒装甲，可惜房间太小发挥不出来性能，只有打他的头才行
相克武器：无
打完Kaiser Sigma后会出现Sigma病毒的资料体
跟着他一路向上走，别被岩浆淹了，然后是结局
结局1
结局1：如果没用Zero打吸血蚊子，在这时Zero就会出现并且一剑击毁病毒资料体(帅XD!)
然后就是结局(二人远望毁掉的实验室)
结局2
结局2：如果用Zero打败了吸血蚊子，在这时多普勒博士就会出现并且牺牲自己与病毒资料体同归于尽，然后是结局动画(X远望毁掉的实验室)
