这个问题是众FANS其中最关心的一个了。依我看EXE应和远祖连接，接在他之前。
远祖1代发生在20XX年，EXE系列则发生在200X年。
远祖发生在USA（早期）。EXE发生在JAPAN。
LIGHT与WILY在20XX年发生冲突后WILY失踪，在1代再度出现，估计是去了JAPAN，之后引发EXE系列。在WILY在JAPAN混不下去时见LIGHT造出6个机器（1代BOSS）时飞回USA改造LIGHT机器才有远祖剧情。此时WILY却不知LIGHT在WILY发乱时把另一个机ROCKMAN从家用机器改装为战斗机器。以上均为自圆其说，若有异议，请指出。

我认为这种问题不需要讨论。
1：洛克人系列游戏并非一脉相连。各个开发目的不同，无须配套或时间上有什么联系。
2：这些游戏本身就是为了娱乐并非需要情节或时间上联系
总之洛克人系列不一定要有联系，最多是人物或某种东西事物有什么相似。
个人见解。