請問過關之後所顯示的等級 (S~F)
會影響什麼東西呢?

一代中，过关后的等级评定会影响到反军基地中众人对你的态度，以及游戏过关的难度。BOSS在ZERO处于A级或者S级的时候攻击方式会发生一定变化。四天王和COPY-X在A级或者S级会出愤怒技。

二代中含有EX技的设定，只有以A级或者S级挑战BOSS才能得到BOSS的EX技。如龙炎刃等。