熱斗、ロックマンたちの活躍によりDr.リーガルとレーザーマンは倒され、地球には平和が訪れた。
だがそれも束の間、地球はさらなる危機に直面していた。リーガルの背後にいた「デューオ」という未知なる存在である。
デューオとは、彗星に偽装し、はるか遠い異星より地球に接近してきた地球外ネットナビ。その目的は宇宙を探査し、危険な惑星を見つけ抹殺することだ。
地球抹殺の審判を下したデューオではあったが、熱斗とロックマンの持つクロスフュージョン能力に未知の可能性を感じていた。
熱斗たちは、地球の未来をかけてデューオの課した試練に立ち向かっていく！
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