西历21XX年，人类已经掌握的新的技术，开始向月球移民了，这就是“雅各布计划”。通过太空轨道电梯被送往月球表面工作。突然一辆运输车脱轨，从轨道电梯弹出，掉落地面。正在附近巡逻的X目睹了事故的发生，立即请求援助。但是，眼前的一切令他目瞪口呆——从坠落的运输车上，走下来大量的Sigma。事实上，这些只是新型机器人变化形成的，他们利用复制能力变成强壮的Sigma来避免坠落事故带来的损伤。
“我们新型半机器人对任何病毒都免疫，所以就算复制成危险的西格玛也不用担心。”说话的小个子就是这座电梯以及整个雅各布计划的主管人——Lumine。
此时，Alia发现叛乱半机器人的踪迹。在X等人合力解决危机之后，Vile竟出现在他们面前。Axl以前并没有见过他，一脸茫然。Zero解释说Vile以前也是A级反乱猎人，现在却变成了死敌。
“我很想跟你们玩，但是还有很多事等着我。我们已经控制了轨道电梯，哈哈哈，新的世界就要诞生了。”
猎人基地内，Alia分析反乱者的目标一定是轨道电梯，而X则更加在意Vile所说的“新的世界”。紧接着，各地都发现了反乱者。在消灭8个叛乱者的过程中，事件真相慢慢显露。首先通过对战场上收集的新型半机器人的数据分析，发现他们体内的DNA复制芯片是他们对病毒免疫的关键。而与原型机Axl不同的是，他们的复制芯片深层的数据很像Sigma的数据，这自然让人联想到Sigma才是事件的主谋。果不其然，当各地的叛乱都被平息之后，Sigma主动与猎人基地联系并发出挑衅：“你们的太空设施都已被我控制，这是天意，而我要来引导这次进化。”
为了阻止Sigma的阴谋，猎人们立刻登上轨道电梯前往太空站，在Gateway内部遇到了Sigma。打败他后发现这只不过是一个复制人。最终在月球基地里，猎人们见到了真正的Sigma。他证实了通讯员们的猜想，为了雅各布计划所制造的所有新型半机器人体内的复制芯片都含有Sigma的个人数据，可以说这些半机器人都是Sigma。
最终Sigma被击败，Lumine获救。但是情况并非想象中那样，Lumine也想创造新的世界，正好利用Sigma帮他完成
“我们新型半机器人的复制芯片里有大量的旧型号半机器人的数据，当然也有Sigma的。Axl这样的原型机也无法像我们一样，我们对旧世界的叛乱是自发的，我们有这种能力，而你们只不过是人类的工具。”
Axl一枪打断了Lumine的演讲，开始了最后的决战。击败Lumine后，Axl中了他的最后一击，好在并无大碍（X9的伏笔？）。在回基地的途中，X正在想起了Lumine关于进化的言论。Zero看出了他的心思。“不要被迷惑了，X。变成Sigma那样可不叫什么进化。就算我们半机器人最终要变成废铁，我们也要继续战斗，不光为了消灭叛乱者而战，还要为我们自身的命运。”
当政府得知Lumine叛乱的消息后，所有的有复制能力的新型半机器人和复制芯片的生产都被终止。但是由于开发太空的需要，数年之后复制芯片再次开始了生产。
“人类和机器人能平等融洽的一起生活，是我最大的愿望。”
——Thomas Light博士。
