1999年《仙剑95版》攻略发售时，姚壮宪向玩家承诺，李逍遥的故事在《仙剑一》结尾时已经结束，仙剑如果有其它后续版本，就应该演绎一个全新的故事。是时姚壮宪与谢崇辉已分道扬镳，谢崇辉坚持认为《仙剑二》应该承接一代的人物和剧情。于是两人各带一拨人马，分头构想《仙剑二》，虽有多次提案，但均未有定论，也没有真正立项。《狂徒传说》中写道：“求好心切的姚壮宪不断更改剧本，为了尽善尽美的自我翻案，美术设定也一改再改，始终未能定稿。之后的‘狂徒创作群’经过了一番人事变动，而姚壮宪期望做到《铁拳3》的品质、《最终幻想VII》的水准的《仙剑二》项目也无疾而终。”
2000年，姚壮宪离开台湾，在北京成立软星。北软的第一个项目《仙剑客栈》就是为日后开发《仙剑二》而布下的练兵之作，GameBox引擎的开发也是在为《仙剑》系列的3D化做准备。2001年3月13日，《仙剑二》第一次项目会议在北京软星的会议室举行，与会者包括姚壮宪、张毅君、张孝全、黄志荣和王世颖等寥寥数人，议题是“《仙剑二》整体表现初步架构”。这次会议确定了《仙剑二》的几个基调，例如演绎全新的剧情、采用两男三女的结构、采用3D技术制作、不走纯悲剧路线、为玩家提供更多的选择等。姚壮宪在会上把他多年来对《仙剑二》的设想全都拿了出来，从五灵到六界，从地域到沿革，提出了一套完整的世界观。
令他始料未及的是，北软的《仙剑二》项目启动后不久，谢崇辉所在的研发三部提案的《仙剑二》即被台北总部通过，并正式立项。得知这一消息后，姚壮宪大为不满。“台北这一立项，设软星的意义少了一大半。在我这位置，我当然要表示反对的意见。而且，当时《霹雳奇侠传》是规划发展成一系列的，结果不顺利，公司放弃了，他（编者注：指谢崇辉）回头要《仙剑二》。”于是他发了封电子邮件给总部的所有主管，信中声明，谢崇辉已经有成功的作品《霹雳奇侠传》，没有必要如此眷恋《仙剑奇侠传》。
当时姚壮宪对于台北研发人员把握《仙剑》方向的能力也心存疑虑，“谢版”《仙剑二》的剧情紧承一代，围绕李逍遥的同村伙伴王小虎及李逍遥与赵灵儿之女李忆如展开，而姚壮宪始终不认同这一方案。他曾认为，若二代以王小虎和忆如作为主角来做故事的起头，注定又是模仿一代的一个少年带着一位身世可怜又神秘的少女到苗疆千里寻母故事的翻版，这种新瓶装旧酒的做法并不可取。事实上在2001年发售的《新仙剑奇侠传》的结尾处，谢崇辉就已经向玩家披露了《仙剑二》的主角将由王小虎担任，同时点出了“狐娘复仇”这条故事线。
“我没法自己专心做《仙剑二》，当然希望让我认为适合的人去做，为的就是不想砸锅。如果台北当时是交给吴欣睿或者郭炳宏去做，说不定我会服气，耐心等他们做完，再做三代。”郭炳宏是DOMO小组的组长，吴欣睿是《轩辕剑三外传：天之痕》的主编剧。姚壮宪一直认为吴欣睿的编剧风格更接近《仙剑》系列。
但总部对大陆软星的制作能力同样存有深深的疑虑，《仙剑二》最终还是交由谢崇辉制作，于是出现了两个《仙剑二》在两岸同时研发的怪事。之后的一段时间内，局势始终不甚明朗，甚至有谁先开发出来谁就是《仙剑二》的趋势，而姚壮宪也一度对外称台北的《仙剑二》为《仙剑外传》。
2001年8月，上海软星成立后不久，“大陆版”《仙剑二》的剧情大纲在王世颖与张毅君的合作下最终定稿，很快企划大纲完成，美术和程序也就位开始工作。2001年9月12日，上软的这款《仙剑》续作被正式提交给大宇总公司备案，提案中的游戏名称改成了《仙剑奇侠传三》。而此时，台北《仙剑二》的剧情完成度还不高，下半年又经过一次大修，反而是《仙剑三》走在了《仙剑二》的前面。
2002年2月，谢崇辉与“狂徒创作群”的其他六人集体离职。台北的《仙剑二》研发陷入僵局，留下的剧情支离破碎，很多工作不得不从头开始，进度受到严重影响。大宇紧急抽调DOMO小组的开发人员前去支援，远在大陆的姚壮宪也接下了部分后续工作，每隔一段时间就杀回台湾，看剧本、测程序，对游戏的关键性剧情，尤其是某些情感表达上的细节作修改。
2003年春，在《仙剑一》问世整整八年后，《仙剑二》终于正式推出，但反响却不尽如人意。玩家普遍认为此作有“虎头蛇尾”之嫌，“故事结构混乱、人物单薄、完成度极低”。有趣的是，虽然软星这边只有姚壮宪一人前去“救火”，大陆发行的简体版《仙剑二》所标注的制作公司却是“软星科技（北京）有限公司”，而非繁体版游戏标注的“大宇资讯”。最终的制作人员名单中，游戏的“监制”写的是姚壮宪、蔡明宏和郭炳宏，“制作人”为贾卓伦，无论“原著故事”还是“游戏剧本”，都没有出现谢崇辉的名字。
台北的《仙剑二》推出半年后，上软的《仙剑三》也正式上市，两款正统续作的发售时间如此接近，这在任何一个系列都是不可思议的。王世颖回忆说：“那时对于仙剑控制权的争夺很激烈，如果《仙剑三》不成功，很可能就被夺走了。”所幸的是，虽然《仙剑三》与《仙剑二》的销量差不多，但在口碑上，前者远比后者成功。《仙剑》系列自此落户上海。
