开头动画背景音乐：合唱《哈里路亚》
21XX年，随着上一次“雅各布计划”的实施，一部分人类已移民到月球躲避地球连续不断的战争，西格玛病毒已彻底从历史上消失了，但为何思考型机械人们还是故障化不断呢？X和ZERO开始了调查……
X：“ZERO，AXL……” ZERO：“我知道，你现在一定很难怪吧…”
X：“对，其实我真想AXL啊…”
？？？：“哼哼哼…”（向X和ZERO发动攻击） X：“危险！！”
（开场关--雅各布计划（X8中打败Lumine（以下称露美娜）的地点））
X：“你…你是…？”
露美娜：“哼哼哼…很荣幸，X，ZERO…我们又见面了…哼哼哼…”
ZERO / X：“露美娜！？”
露美娜：“很意外吧！！哼哼哼…弥塞亚，快出来招呼客人吧！”
弥塞亚：“哼哼哼…让你们久等了，真不好意思啊…不过，我必须消灭所有的…邪恶！！！！！！！！！！”
X：“好吧，让我来收拾你！ZERO，援助我！”
ZERO：“好！”
弥塞亚：“你…你究竟是…？！”
露美娜：“已经可以了！弥塞亚…”
弥塞亚：“露美娜殿下……”
露美娜：“X，ZERO…托你们的福，现在所有的…西格玛病毒已经全部消灭了，但是，你们疏忽了一点！那就是…他们已经进化为新型病毒了，哼哼哼…现在病毒已经传播到地球上了吧？哈哈哈哈哈哈！！啊哈哈哈哈哈哈哈哈哈！！”
X：“你…你到底想怎样？！”
ZERO：“如果想来劲的话我就对你不客气！！”
露美娜：“哎呀呀，二位都怎么了呢？别那么激动嘛，其实新型病毒是不会影响我们这些新型思考型机械人的，而你们这些老式废铁们…只能眼睁睁地看着同伴们一个个被病毒感染异常化，哼哼哼…” ZERO：“我杀了你！！”
X：“ZERO！别冲动！”
露美娜：“好戏还在后头…弥塞亚，我们走！”
弥塞亚：“是！”
（回到基地后）
X：“已经察出新型病毒到底是什么了吗？”
爱莉雅：“这…这这这究竟是…！？”
露美娜：“以你们的水平是无法破译的…”
ZERO：“又是你！你要是再敢让我看到你的话！我就毙了你！”
露美娜：“别冲动，别冲动，你越冲动，你异常化得就越快！”
ZERO：“我才不信你的鬼话呢！”
露美娜：“哼哼哼…其实这个病毒的名字也很有意思，它是你们之中一位最要好的朋友的名字，可惜啊，他死了…”
X / ZERO / 爱莉雅：“AXL！？”
X：“是AXL吗？”
露美娜：“的确如此…其实他…是为让我们伟大的主能够再生而诞生的新型思考型机械人…”
ZERO：“你们的主？！”
露美娜：“对！就是被你们所消灭的我们伟大的主！西格玛！！”
X / ZERO / 爱莉雅：“！”（全部大吃一惊，PS：这有什么好奇怪的嘛…
帕拉特：“爱莉雅姐姐！拉雅姐姐！我已经知道异常体的地点了！”
露美娜：“哦，那好吧，我期待着下一轮病毒恐慌的到来！！啊哈哈哈哈哈哈！！啊哈哈哈哈哈哈哈哈！！”
这究竟是什么......
