熱斗、ロックマンたちの活躍によりDr.リーガルとレーザーマンは倒され、地球には平和が訪れた。
だがそれも束の間、地球はさらなる危機に直面していた。リーガルの背後にいた「デューオ」という未知なる存在である。
デューオとは、彗星に偽装し、はるか遠い異星より地球に接近してきた地球外ネットナビ。その目的は宇宙を探査し、危険な惑星を見つけ抹殺することだ。
地球抹殺の審判を下したデューオではあったが、熱斗とロックマンの持つクロスフュージョン能力に未知の可能性を感じていた。
熱斗たちは、地球の未来をかけてデューオの課した試練に立ち向かっていく！
由于热斗,ROCKMAN的活跃,DR.利加鲁(就是EXE4的总BOSS,LASERMAN的主人)和LASERMAN被打倒,地球又迎来了和平.
但是这也只是一会的事情.地球又将直面更大的危机.在利加鲁的背后,有着[DUO]这个未知的存在.
[DUO]是伪装成彗星,从遥远的异星接近地球的地球外NET-NAVI.其目的是探察宇宙,发现并抹杀危险的行星.
虽然DUO作出了抹杀地球的审判,同时他也感觉到了热斗和ROCKMAN持有的クロスフュージョン能力的未知性.
热斗他们,赌上了地球的未来向着DUO设下的考验出发了.
