很久很久以前，
邪恶的科学家WILY企图统治世界，但每次都被DR.RIGHT制造的ROCKMAN挫败了；
最后，WILY以杀死ROCKMAN为目的创造了自己最强的机器人ZERO，而RIGHT则制造出了X，
2位科学家在完成研究后相继病逝，他们最后的创造物则被封印了起来……
100年后，X被DR.CAIN发现，CAIN以其为原型开发出了SIGMA，
在一次行动中，SIGMA发现了解封的ZERO，2人大打出手，结果ZERO脑中WILY的芯片被对方击毁，“失忆”了——而SIGMA却被打成了故障，成为了日后的大魔头。
在偶然的机遇下，X与ZERO成了搭档，共同为守护和平与SIGMA作战……
又过了100年，因为百年前的“妖精战争”（据说“指挥任务”讲的是此段剧情），X已不再战斗，以电子精灵的形式在世界中寻找再次被封印的ZERO（具体当年如何被再封的不清楚——可能是X6的平行剧情、也可能是“妖精战争”中的后话……）。
某一天，人类科学家雪儿发现并解封了ZERO；复活后，ZERO为保护半机器人同伴而加入到了同人类专政组织“NEO阿卡迪亚”的斗争之中……
再之后，去翻RMZ的剧情8。
迄今为止，ZERO还没有谢幕退场。
