开场：三位猎人打败Lumine后离开了，一切似乎归于死寂……但是，没人注意到，一个黑影来到Lumine的遗骸旁，拣起了几块碎片……
一年后，AXL外出执行任务时，主电脑突然发现了异常讯号！X&ZERO赶去，却发现AXL在那里破坏.X正疑惑时，却发现突然又出现了更多的AXL，原来是复制体！在所有复制体的背后，居然是钢铁天使形态的Lumine!一番苦战后，终于有一次消灭了Lumine.正在猎人们百思不得其解之时，天上传来一阵笑声：“灭哈哈哈哈哈……异常猎人的实力就是如此么？我主人统治宇宙的日子不远了！！”空中的不明半机人大放厥词，X二话没说一记蓄力洛克炮，想让他闭嘴，没想到，巨大的光柱从X背后袭来，将伊卡鲁斯铠甲打的粉碎！而天上，只剩下一个残影……“太弱小了！灭哈哈哈哈哈……”声音还在天空中放肆，但是，那个迷一样的半机人已经消失在猎人们的视线中………………
X受了重伤，猎人们不得不回到基地.此时，AXL还没回来.更要命的是，主电脑上又传来了8个异常讯号！ZERO马不停蹄，赶往现场……
经过LAYER的传送，ZERO来到了一片黑暗区域.突然，ZERO感到前方传来一阵混合了血气和杀气的风，他本能的向后一跃，之后立刻就听到了锐爪撕裂空气的声音.前方一阵冷笑：“不愧是ZERO,居然可以在黑暗中躲开我暗影魔狼的攻击……”话音未落，ZERO冲上前去，循声劈了下来，没想到居然没有砍中。“哈哈哈哈哈，你的好运到此为止了！就用你的死，作为我的主人统治宇宙前的血祭——”突然，声音和黑暗同时消失了，Z Saber深深陷入了魔狼的右臂，“哼，雕虫小技……”ZERO梢一用力，右臂随之坠地，没等魔狼发出痛苦的叫喊，Z Saber又刺入了他的胸膛.“怎……怎么会……” “任务完成，传送我回去.”
基地
ZERO:"这是暗影魔狼的数据样本. X怎么样了? AXL还没有回来？"
ALIA:"恩，X还在治疗，应该很快就会醒了，把X打伤的是什么人，究级装甲已经完全损坏了……
ZERO:"那个人……"
“任务完成，请求传送！”AXL的声音打断了ZERO.
ZERO:"怎么样？"
AXL:"都是肉脚，就是数量比较多……啊！"
ZERO：“怎么了?”
AXL:"有人偷袭，看来还要一段时间才能回去了！"
ALIA:"怎么办？ZERO,你去不去援助？"
ZERO:"不用了，他也不是小孩子了. 他还不知道出现了他的复制体吧？"
ALIA:"他还不知道.”
这边，风沙满天，两个身影若影若现.
AXL:"你到底是什么人？身手不错啊！比那些肉脚好多了！"
????:"哼，奉主人之命，我暴风游隼要取你性命！"
AXL:"哦？你主人是谁？"
暴风游隼：“你不必知道！你死定了！”“风刃断！”
一枚风刃，挟着逼人的气势袭来，AXL后翻躲过，不料却被隐藏在那枚风刃下的第二枚割破了左臂.
AXL：“哦，还有隐刃啊？那我再不认真就太不礼貌了！”说罢，跃起身来，立刻，如雨的子弹射向暴风游隼.暴风游隼毫不在意，张开了真空壁，子弹悉数打在真空壁上，却不见了AXL的身影.游隼发觉不妙，刚想回身，却感觉并冷的手枪抵住了自己的头.
“不可能！我是风之使者，你居然比风还快……”
“不，是你太大意了，你唯一的失策就是没有张开圆风护！”
“不…………”在游隼绝望的叫喊声中，AXL扣下了扳机.
“任务完成！传送吧！”
基地
X才刚刚醒来.“我是怎么了？……对了，那个半机人…感觉他比预料的要强上太多了，而且也没有气息…我那一炮本来想试探一下，竟然……”
ZERO:“恩，我也感觉到奇怪.还有，魔狼所说的“主人”，AXL的复制体，LUMINE……”
AXL：“恩？我的复制体？他们是在哪里搞到我的数据的呢？对了，这是游隼的数据样本.”
ALIA：“好，这就去分析.”
X：“PALLETTE，我的伤，没大碍吧？还有究级装甲…应该已经坏了吧，那一招的攻击力太强了……”
PALLETTE：“恩，装甲已经无法再使用了.你的伤还要休息三天才能出战，这段期间就交给AXL和ZERO吧.”
X：“恩……”
第三天
主电脑上出现了比魔狼合游隼强上几倍的异常讯号！
LAYER：“是朔镜谷，ZERO,AXL，准备传送！”
朔镜谷中一片寂静.ZERO和AXL极目望去，满眼荒凉.忽然一道光柱从天而降，坠地瞬间光芒内敛，走出了一个半机人.
“异常猎人ZERO,AXL，你们很强，我的主人欣赏你们，加入我们吧，代替魔狼和游隼的位置，和我溯光麒麟一起，为我们伟大的主人效力！”
“你做梦！”AXL一发空气炮打向麒麟，却被他轻松躲开了.
“AXL，不要鲁莽，我来试探他，你来掩护.”
“知道了.”
ZERO一扬手，“真空刃！”Z Saber的剑尖把空气撕出一道裂口,风之剑气随之袭来,溯光麒麟稍一侧身,闪开了.立刻,就听到"啪啪啪"三声在空中炸响.
溯光麒麟:"你以为你得手了吗?想打中我,没有十枚以上的影刃是不行的!"
语毕,麒麟周身发出异常耀眼的白光,无数光线向ZERO和AXL袭来,ZERO和AXL艰难地突出了光线射程,却也中了好几击.
ZERO:"这家伙很强,他的正面几乎没有弱点,我来引开他的注意力,你从背后伏击." "了解."
ZERO转过身来,剑身迅速发红变暗,"血影闪!"ZERO疾速前冲,拖出血色的残影,霎时来到麒麟面前,毫不留情的劈了下去,不出所料,又被麒麟闪开,但就在这一瞬间,巨响从他背后炸响,带着死不瞑目的表情,麒麟倒了下去,背上插着三支暗影箭.
AXL:"嘻,说要十枚风刃,三支暗影箭就搞定了."
ZERO:"很久没有遇到这么强的敌人了.走吧."
AXL:"恩,回基地再说吧. ALIA,传送!"
LAYER:"分析结果已经出来了,似乎在魔狼和游隼的资料里都有一个特殊字母,分别是 O S……"
ALIA:"这代表了什么意思呢?"
ZERO:"这是溯光麒麟的数据样本,这次的的人很强,很不好对付."
X:"ZERO,AXL,我们去林木森吧,我记得汤马司博士还有一个研究成果在那."
PALLETTE:"你的身体,可以出战么?"
ZERO:"没关系,让他去吧."
AXL:"何况还有我们呢!"
不多时,三个人来到林木森.
X:"研究所的方位应该在这边.直走,很快就可以到了."
三人来到了一片废墟前,X掀开一块石板,走了进去.走道的尽头,是一扇门.门自动打开了,一个太空舱,一把剑,一把枪,静静的看着来者.太空舱里传来了汤马司博士的声音.
"X,你们还是来了啊,因为时间紧迫,我把你的达那托斯(Danatos)铠甲,ZERO的OMEGA Ripper,AXL的A Killer 放在了一起,幸亏你们来的及时,这三样东西本应该被永远封印住,但是'那个'的威胁还在……最后,我希望你们可以不再战斗的一天到来."
X:"的确,这三件东西上传来的脉动,鼓噪很不寻常.但是我们不能犹豫了,走吧."
ZERO:"'那个',到底是什么呢?……"
????:"灭哈哈哈哈哈,你们没有机会知道了!越木灵猴,上吧!"神秘半机人再度出现!
X:"你到底是谁?"
????:"哦?X,受了那样一击都还没有死?看在这个分上,我就告诉你:我就是Sigma,Lumine,AXL的数据集合体---ALS!"
越木灵猴:"你们到底有没有把我放在眼里?!X,受死吧!叶……"
"狱影炮!"激光束从X Buster射出,瞬间将越木灵猴打的粉碎!
ALS大吃一惊,但很快镇定下来.
ALS:"X,不错嘛,几天没见,抢了很多啊!但这样的力量也只能和我的离泫炮相抗衡,根本不及'那个'的一半,不管怎样,宇宙终究还是要落入我主人的手里的!灭哈哈哈哈哈……"
AXL:"等等,不要走!你主人到底是谁?'那个'又是什么?你为什么有我的数据?回答我!"
X:"算了,他已经走了,我们还是先回基地吧."
基地
ALIIA:"原来如此...ALS...数据集合体..."
LAYER:"还有四个异常反映,还要辛苦大家了,数据集齐了,大案应该就会出来的."
PALLETTE;"麒麟的数据中的特殊字母是'D'...不行啊,还是无法解读..."
X;"了解,传送吧.我去雷湖,ZERO去炎山,AXL去冰域.尽快收集资料."
几乎在同一时间,三位猎人各自来到了目的地.没想到的是,狂雷电鳗,降炎烈凤,冰雪巨熊已经做好了准备,好像正在等待他们的到来!
狂雷电鳗:"果然来了,X,主人已经将'那个'完全复活了,宇宙已经在我主人手里了!就算你拿到汤马司博士的最高杰作,也于事无补了!!"
X;"这些话说多无用,我只想知道;你主人是谁?!"
降炎烈凤;"ZERO,吗,以前就听说过你的大名,今天,就让我领教领教你的剑术吧!"说着,拿出了一把...
"∑刃! ... 暂且不管你从哪里得到的,但今天..我要让你了解到在我面前提起Sigma和让我看到和Sigma有关的东西会有什么后果! 戾光破!"OMEGA RIPPER 应声出鞘,激烈的剑气挟着愤怒,烈凤的左臂消失在白光之中.烈凤毫不在意,突然,他的身体被火焰笼罩,火焰消失后,烈凤的左臂竟然诡异地又出现了!"我是不死的火鸟,浴火便能重生!哈哈哈哈!"
AXL;"嘿,冰雪巨熊!正好拿来试枪!A-KILLER...到底拥有什么样的力量呢?"说着,AXL扣下了扳机,一颗黑色的子弹从枪口飞出,巨熊伸手一挡,子弹在他手上挖出了一个小洞.
"哈哈哈哈哈,这样弱小的力量打不穿我的铠甲啊,AXL!"
狂雷电鳗;"我的主人?汤马司博士没告诉你么?你到地狱自己去问他吧!雷魔球!"无数球状闪电从湖上浮起,飞向X.X举起X-BUSTER,无数发洛克炮飞出,和雷魔球在空中相撞,激起巨大的烟雾.烟雾尚未散尽,前方传来空气被烧焦的气味,一道闪电袭来!X向左翻滚了一个身位,接着凭感觉向闪电来向射出了一发蓄力洛克炮,很快,前方传来电鳗的声音:"怎么会..."
X来到电鳗的面前:"告诉我,你的主人是谁?和汤马司博士什么关系?"
电鳗:"X,你很强大,但是你的失误就是:你离我太近了!!和我一起下地狱吧!"电鳗自爆了,但Danatos铠甲保护了X.
"...ALIA,传送吧." "好."
"木叶舞!"OMEGA PIPPER再次将烈凤的左臂撕成碎片."没用的..."火焰又起,烈凤的左臂又出现在他的身体上.
"原来如此,浴火重生...烈凤,你输了!"十枚真空刃,切下了烈凤的十片翅膀----火焰的来源."OMEGA RIP!"OMEGA RIPPER撕裂了烈凤的身体,∑刃也没有避免."任务完成,传送."ZERO将跳动不止的OMEGA RIPPER收进剑鞘.
"哦,力量很小么?就让你看看它的真正力量吧!!Killer Shot!"
一块黑色的子弹从枪口射出.巨熊看穿了子弹的飞行轨迹,向左闪开了.但是,一股不可抗拒的力量,将他拉回了弹道.子弹进入了巨熊的身体,接着他的身体开始崩溃,消失.....
"象黑洞一样的子弹么,似乎需要蓄力才能发射...不过威力真吓人一跳呢!喂!任务已经完成了!传送吧!"
Alia:"终于只剩下一组异常反应了...也许很快就可以直到结果了吧..."
Layer:"我有复原了到现在为止打倒的BOSS的数据库,里面的特殊字母是... r s a m h T D不知道这预示了什么..."
X:"难道是...Dr.Thomas!?怎么可能!?"
ZERO:"事到如今,只有去吧最后的资料取来了."
AXL:"恩,走吧!"
最后的异常者,地岩鼹鼠,在三位猎人的围攻下,很快被打败,X拿着资料:
"走吧.一定要尽快解开这个迷!"
ZERO:"......你们先走吧,似乎...有一个声音在召唤我..."说完,向一个沙丘冲去.
X:"ZERO!"
AXL:"算了.我们先走吧."
X:"......好吧."
ZERO:"……为什么我越往前走，心中就越沉重呢？"
周围的景色在慢慢变化,ZERO竟没有发觉. 路的尽头,是一扇紫色的门.ZERO走到门前."这似曾相识的感觉...好难受..."ZERO抚着自己的胸口.门无声地打开了.
"ゼロ..."门前,不是别人,竟是......
"IRIS!你..."ZERO不敢相信自己的眼睛.
"ゼロ...我已经不能再回头..."IRIS,带着凄凉的表情看着ZERO,黑暗的结晶慢慢进入了她的身体.一刹那之间,IRIS的身体被黑暗笼罩...
"不!!!IRIS!" 突然,眼前的画面开始支离破碎,一阵银铃般的笑声传入ZERO的耳朵.
????:"呵呵呵呵呵呵...勾起了你的'美好'记忆了吧?ZERO? 这只是序曲,就让我幻姬妖猫,令你永远陷入回忆的幻境吧!"
ZERO:"幻姬妖猫?为什么主电脑上没有显示你的讯号?...哼,这不关我的事,只是,你竟敢化成IRIS的样子!受死吧...炙龙翔!"
"哦,这就是你的必杀技?不怎么样啊..."幻姬妖猫出现在ZERO身后.
"ZERO,陷入永远的回忆吧,失乐园!"
ZERO的周围忽然暗下来,接着,ZERO再次发现IRIS站在他的面前.
ZERO冷笑一声:"哼,幻姬妖猫,我不会在被你迷惑了!OMEGA RIPPER!"
"ゼロ...你真的要杀我吗?"
"!!!"ZERO倏的收剑,手开始颤抖.
"哦?你刚才是在没说的?在这种速度下收剑,你的身体也会受到很大伤害呢......"妖猫的声音.
"可恶......你闭嘴!既然这样,OMEGA RIP,以我之名,解放你的力量!"ZERO,进入了无我状态.
LAYER;"解析结果出来了,字母显示为o..."
ALIA;"果然是Dr.Thomas吗?这不可能吧..."
"灭哈哈哈哈哈哈..."ALS出现在主电脑的屏幕上."异常猎人们!我的主人,宇宙的统治者,邀你们来破月之山!"
X;"你们和汤马司博士到底什么关系?!回答我!"
................
AXL:"X,我们先走吧."
X:"好!"
PALLETTE:"等一下!铠甲和手枪已经分析完毕,其中的力量狂暴而强大,你们要小心."
AXL:"了解.传送吧."
ZERO半跪在地上,OMEGA RIPPER掉落手边."可恶...解放的副作用...动不了了..."
耳中充斥着妖猫的声音:"呵呵呵呵呵呵何...ZERO,没想到你居然在同伴不在身边的时候贸然解放呢,没有被完全侵蚀么?这次你打败了我,下次就没有这么好运了..."声音戛然而止----她的身体断成了九截.
"传...送...".......
基地
"ZERO!ZERO!!你没事吧?!"
"嗯?LAYER啊...没什么,解放了OMEGA RIPPER...我下不了手,就算知道那只是幻影...我不能再次..."ZERO又晕了过去.
LAYER将ZERO放进治疗仓.
"再一次...下不了手...是IRIS吗?"LAYER脸上露出落寞的表情.
"这就是破月之山吗?真荒凉呢!"AXL感叹道. X一言不发,望向山顶.
"走吧." "嗯."
二位猎人向山顶冲去.半路,ALS出现."灭哈哈哈哈,X,AXL你们送死来了!ZERO呢?不是不敢来了吧?灭哈哈哈..."
AXL举起A KILLER:"炎爆弹!" X却把X-BUSTER对准了自己身后的一块巨岩,毫不犹豫的射出了一发空压炮.随着爆炸的声音,"啊...X,没想到你居然看破了我的幻泫影...哼,AXL那一发子弹是为了让我掉以轻心吗?"
X:"我已经不是以前的我了!你没有胜算的!让你所谓的主人出来!"
ALS:"哼,这种话,就等你打败我再说吧!"
AXL:"X,速战速决,全力攻击吧!"话音未落,Killer-Shot已经向ALS飞去,ALS;"哦,这就是秒杀巨熊的子弹么?果然是让人无法抗拒的吸引力呢,不过..."ALS举起一块巨石,投向子弹,转瞬之间,巨石被吸收殆尽.但ALS趁着这个空档,脱离了弹道."果然,只要有一股力与Killer-Shot相冲,那么那股力量被吸收完全之前,Killer-Shot不会对其它物体造成影响!但这始终很难对付...受死吧,AXL,离泫炮!"几乎在同一时间,狱影炮脱离了R-BUSTER的管口射向ALS.二股力量在空中相撞,激起巨大的烟雾.烟雾之中,AXL把ALS包围在枪林弹雨之中,ALS躲闪不及,结结实实中了几十发降雷弹,随即麻痹在地.烟雾散尽之时,X-BUSTER,A-Killer将他夹在中间.
"狱影炮." "Killer Shot."
"走吧,AXL." "嗯."
终于,二人来到了破月之殿.门开了,是王座.王座上,坐着一个半机人.
????:"欢迎你们,X前辈,AXL."
X;"你叫我前辈??!"
????:"没错,我是汤马司所造的--Lavles,但是,完成我不久,却说我是失败作并将我封印,又把我的武器沉入大海.但天有眼,半个月前的陨石雨将我的封印解除了!可恶的汤马司!明明是自己的错,却迁怒于我!我要复仇!既然他的愿望是世界和平,人类和半机人和平相处,我就要破坏它!"
X一言不发,举起X-Buster,击出了一发狱影炮.Lavles举起左手,轻而易举地化解了这无比凌厉地一击.
Lavles:"哼,这就是你的力量么? 太渺小了...亏我采集Lumine,Sigma,AXL的资料造成的ALS会被你打败.这样看来,我废了好大力气找回的"冥王"派不上用场了..."
X:"冥王?汤马司博士所造的武器么?"
Lavles:"没错,可以轻易毁灭一个星球的武器,汤马司觉得太危险,于是将其沉入海底."
"Killer Shot!"一个拳头大的黑洞飞向Lavles.
Lavles:"哦,正好,让你们看看冥王的力量吧."一条纤细的光线飞出,和黑洞相撞,将其瓦解后击穿了A-Killer的枪柄.
AXL:"好强大的力量!"
X:"原来如此,将力量压缩了..."X Buster的枪口开始发光..."狱影灭!"压缩后的狱影炮向Lavles袭来,终于将他逼离了王座.
Lavles:"哦,这样才有看头啊,不过,你会错意了,那不是压缩了的攻击,那是冥王最原始的力量,我要统治宇宙,使人类成为半机人的奴隶,而不是将他们粉碎.绝望吧,X,AXL,灭却之光!"无数的光线从冥王中飞出,射向X和AXL,X和AXl虽尽力躲闪,但还是被打的伤痕累累.
Lavles:"哈哈哈!最后一击!冥..."
"幻剑阵!"
无数把剑围住了Lavles,打断了他的攻势.
ZERO赶到!!
ZERO：“X，AXL，没事吧？你们怎么搞得这么狼狈？”
AXL：“我们没大碍，倒是你…弄的满身是伤，遇上什么棘手的事了？”
ZERO：“没什么，这家伙是谁？”
X：“他也是汤马司博士所造的，他很强，不要掉以轻心。”
AXL：“ZERO，X，总攻吧！”
就在此时，幻剑阵的中心，一道紫黑的光芒冲上天际，幻剑阵随之粉碎。Lavles走了出来。
ZERO：“果然很强啊！我还以为至少可以困住他一分钟呢!”
Lavles：“果然是ZERO！看来幻姬妖猫被打败了……”
AXL：“幻姬妖猫？难道是第九个异常体？”
Lavles：“对，韦利博士的未完成品，我将她完成了，只是没有想到ZERO你居然可以打败她。看来不能再小觑你们了，灭却之光！”
“御冰绝！”三位猎人面前出现了一道冰壁。
ZERO：“不行了……好强的力量…支撑不下去了…X，AXL，赌一把吧！”
X：“解放这三件物品里面一直鼓噪不息的力量么？”
ZERO：“但可能会有危险……”
AXL：“没时间了！！就这么做吧！！”
轰的一声，冰壁终于变成了一块块碎片。三个身影闪出，将Lavles包围了起来。
Lavles：“哼，太渺小了……居然自甘被武器支配……”
猎人们眼中流露出似乎要将Lavles吞噬一般的疯狂，对刚才的话似乎浑然不觉。
Lavles：“即使如此又能奈我何？就让你们……”
话未说完，AXL发出了第一波攻击，X，ZERO的攻击紧跟其后。Lavles再一次举起左手，却被震退了好几步。“哦，变强了啊。但终究只有这种程度而已吧。”说罢，挥动双手，将全身防御的滴水不漏，猎人们越来越猛烈的攻击居然无法伤其分毫。
Lavles：“是结束这场闹剧的时候了！看着吧,这才是真正的力量——血红的翼划破天空，漆黑的瞳隐没苍穹，Hades ，Radamanteis Aiakos Minos ，吾为力之主，汝为力之使……”紫黑的光笼罩了Lavles全身，X，AXL，ZERO的攻击被那层诡异的光吸收殆尽。
Lavles：“看清楚吧，支配与被支配，这就使我们之间的差距！恶魔之刑！”“冥王”发出三道光柱，分别击中了三人。
X:"唔...刚才是怎么了?....."
AXL:"想不起来......"
ZERO:"我们被完全支配了...Lavles...居然可以控制冥王...真的...没希望了么?"
X:"不!不能放弃!要奋战到底!"
AXL:"X,你的铠甲!ZERO,你的剑!还有我的枪... 这..."
Danatos铠甲,OMEGA Ripper A Killer之中发出了一阵白光,白光中出现了汤马司博士的身影.
"X,ZERO,AXL... 这一刻终于来临了.制造了'冥王',是我所犯的最大错误.虽然我把它沉入了大海,但我不能安心.有光,就有影.于是我又造出了'冥影',随后又将它分为三个部分,也就是Danatos铠甲,OMEGA Ripper,A Killer.并且只有在'冥王'的力量发挥到极致时,才会共鸣重组.'冥王'是光,但是它却要带来毁灭.Lavles,你是韦利所造出来的半机人.韦利为你输入了最强的病毒程式,但是还未完成,他就死去了.原谅我,Lavles,我想为你将它擦除,但是我失败了.我只好将你封印,结果造成了你的记忆混乱.我很抱歉.猎人们啊,记住,从光之中衍生的黑暗是不堪一击的,用真正的黑暗力量拯救Lavles吧!"
白光渐渐消逝,出现了一把与冥王极其相似,通体漆黑的手枪.
Lavles:"原来,我是韦利所造...不管这些了...不堪一击?哼,就让你看看!X,废话少说,拿起枪吧!"
X缓缓拿起了冥影,二人同时扣下了扳机,紫黑的光,漆黑的光,激撞在一起,X只觉对方的力量如排山倒海一般袭来.几乎要被震飞时,X感觉手中一紧--ZERO,AXL握住了他的手.在这一瞬间,冥影中发出的黑光变成了白光,紧接着,白光吞噬了Lavles.
X;"黑暗...变成了光明..."
白光渐渐逝去,Lavles支离破碎的身体散落一地,韦利博士所造的中枢芯片却发出反射耀眼的光..三位猎人对视了一眼.X上前,捡起了那块芯片.
X:"芯片还没有损坏."
AXL:"太好了!回去吧,我们要尽最大努力擦除里面的病毒程式!"
ZERO收回长剑,"Lavles,你会复活的."
夕阳斜沉入谷,三位猎人的身影消失在光芒中.
