汉化版应该也可以。
不知道你M3L官网是怎样说明连动的。
我在SC官网上看到的说明如下:
GBA联动功能:需要使用联动功能的DS游戏必须在转换软件属性中选择于GBA游戏联动的选项后转换。如果运行NDS游戏时发现同目录下有同名的GBA游戏,内核会先装载GBA游戏,以实现联动功能(例: 0094.dsq,0094.gba,那么0094.dsq与0094.gba会实现联动)
注意事项:首先前提用Superpass或FLASHME V6以上!需要玩联动功能的玩家GBA ROM不要转换!请确保您的GBA ROM是Clean ROM不被修改或是打过一些补丁的。语言版本需要于NDS对应版本一致。例如:0094日版恶魔城苍月对应的GBA ROM需要是0996 日版晓月圆舞曲。游戏名称不要太过于长以免识别不到。
需要注意的是NDS游戏转换后名字会变成xxx.nds.dsq,所以GBA游戏的名称应对应改为xxx.nds.gba